El Parque Nacional Torotoro, tiene un gran valor por su diversidad biológica. Existe vegetación subtropical, caracterizada por una biodiversidad generalmente altoandina. El área protegida posee una alta diversidad en flora. Se han identificado aproximadamente 300 especies de vegetales, pertenecientes a 212 géneros y 79 familias. Entre las que más se destacan son aliso (Alnus acuminata), chillijchi (Erythrina falcata), jacaranda (Jacaranda mimosifolia), soto (Schinosis haenkeana) y naranjillo (Zanthoxylum sp.) este último en riesgo de extinción. Asimismo, se han identificado 170 especies de aves y 44 especies de mamíferos entre ellos, la vizcacha, pecarí, murciélagos, zorros y zorrinos.
